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ストーリー
主人公ジムと、その親友・ネズミのグランは「ベンボー亭」の留守番をしていた。その深夜、ベンボー亭を訪れた一人の片足の男。
だれかに追われているらしい謎の客は、ジムにひとつの小箱を預ける。やがて現れた謎の追っ手は店の中を滅茶苦茶にしたあげく、その客を連れ去ってしまう。
ジムは箱の中身を見て驚いた。なんと、小箱の中に入っていたのは、大海賊フリント船長の財宝の隠し場所を描いた宝島の地図だったのだ！
早速、グランとともにパイオニア号（樽に小さなマストと帆がつき、蒸気機関 や小型砲まで搭載した小さいながら本格的なもの）に乗って宝探しに出かける。
しかし、途中でシルバー船長率いる海賊船（ポークソテー号）に捕まってしまう。
ジムたちは海賊島に連れていかれ、奴隷商人に売られてしまい、小屋の中に押し込まれるが、そこには先客がいた。フリント船長の孫娘キャシーである。
ジムとグランはなんとか奴隷商人の所から抜け出し、宝の地図を取り返すが、すぐにキャシーに取られてしまう。
ジムはポークソテー号へ密航し、宝の地図を狙うシルバー船長、そしてシルバーと組んだキャシーと共に海賊島から脱出。
ジムとキャシー、そしてシルバー一味は呉越同舟となり、力を合わせて追っ手の装甲艦グラタン号を返り討ちにするが、ポークソテー号も深く傷つき、嵐にあって船は真っ二つ。
ジムと皆はばらばらになってしまう。一夜明けると島に流れ着いたが、そここそ目的地宝島であった。
そして、宝の隠された山への尾根筋で、ジムと、キャシーを人質にしたシルバーの最後の戦いがはじまる。

映像特典: Anamorphic Widescreen, Original 2.35:1 Aspect Ratio, Theatrical and Teaser Trailers.